자연사 전시실은 제주도의 지질암석, 동식물등 자연사 자료를 입체적으로 전시하고 있는 전시실로서 크게 지질암석전시장, 육상생태관으로 구분되어 있다.

지질암석 전시장에는 제주의 형성과정과 화산분출장면을 비롯하여 패류화석, 새발자국화석, 만장굴 축소모형등이 전시되어있다.

제주의 육상생태관에는 해안습지대, 상록활엽수림대, 초원지대, 낙엽수림대,침엽수림대, 고산관목림대(백록담일대) 모두 6개 영역으로 구분하여 동식물 표본등을 종합적으로 전시하였으며, 흰뺨검둥오리, 큰오색딱다구리, 직박구리, 제주왕나비, 반딧불이 등을 동적으로 연출하였고 제주의 뱀과 보호식물을 동영상으로 선보이고 있다. 또한, 한라산의 버섯 11점, 재래감귤 10점, 제주의 곤충 512점, 동물골격 26점 등을 보여주고 있다.

화산탄

제주도에 분포하고 있는 수많은 작은 산들을 기생화산(오름)이라고 부른다. 기생화산 폭발시에 하늘로 솟아 올려진 현무암의 덩어리가 타원형의 모양으로 화산속에 떨어진 것이다